复位的杰克船长开始担心那个13年的期限，因为船员叛变他吃了10年的亏。剩下的时间不多了。于是他找女巫特娅朵姆求助，特娅朵姆告诉杰克，大卫琼斯曾经深深的爱上一个女人，但这个女人却让他生不如死。大卫琼斯为了忘掉她把自己的心脏割了出来，放进一个匣子里，然后把匣子和钥匙都藏了起来。特娅朵姆还给杰克一个罗盘，罗盘能一直指向装心脏匣子。接着又告诉杰克藏钥匙的地方，还说只要谁拥有了心脏就能使唤大卫琼斯和他的八爪巨兽“库拉肯”。于是杰克先去了藏钥匙的地方，却只发现一张画着钥匙的皮纸。而同时伊纱贝拉和威廉正要举行婚礼，可是贝克特把两人双双逮捕，罪名是释放死刑犯。而且贝克特向威廉提出条件，只要威廉能拿到杰克船长的罗盘就能让他两口子脱罪。同时杰克见到了那个已经被绑在炮筒上扔进了大海的比尔特纳。比尔特纳告诉杰克他现在已经变成了大卫琼斯的奴隶了，而且是替大卫琼斯传话：时间已经不多了！我随时会来找你！！吓得杰克往陆地跑。威廉在土著岛遇到杰克，知道了威廉的来意后又再诱骗威廉去“飞翔的荷兰人号”上帮他找钥匙。可惜大卫琼斯逮到了杰克，按约定杰克要把灵魂交出来，杰克想要威廉的灵魂抵债，琼斯说不够，要抵债就要还100个魂！限时3日还清。之后被拿来抵债廉威在“飞翔的荷兰人号”上见到了被奴役的父亲比尔特纳，在偷出了钥匙逃走后。他决定要救出父亲。这时女主角坐不住也来了，伊纱贝拉和杰克还有诺林顿找到了心脏匣子（诺林顿1年前奉命抓捕杰克的英国舰队队长，后来落破被杰克收为手下）。威廉带着钥匙出现了。他要杀了大卫琼斯，杰克和诺林顿反对。这时杰克，威廉和诺林顿为了争夺心脏打了起来。乱成一锅粥后心脏被杰克偷偷调包，后来又被诺林顿偷偷调包。杰克自以为得到了心脏后高兴地起帆走人。愤怒的大卫琼斯赶来了，他发誓一定要杰克的灵魂，杰克发现心脏不见了急忙走，经过库拉肯不停的骚扰，伊纱贝拉决定把杰克锁在将要废弃黑珍珠号上说：他是冲着你来的，要我们脱身只能要你去....船员逃离以后黑珍珠号沉没了。结局：诺林顿带着大卫琼斯的心脏交给了贝克特，贝克特从此成为海洋的新霸主。离开了黑珍珠号的船员加上威廉和伊纱贝拉去拜访了女巫特娅朵姆。特娅朵姆告诉他们如果想找回杰克船长就要去世界的尽头, 鬼魂的海岸，而他们的领航人是————巴博萨船长......
