为了阻止月的罪行，继L之后，总一郎也付出了生命的代价。为了造就一个没有罪儿犯的世界下定决心要不择手段的月，一心一意要除掉梅洛，将父亲之死嫁祸给梅洛，促使警方总动员，全城搜捕梅洛。而与此同时，梅洛也为了证明月是基拉而进行了周密的布置，布下天罗地网。终于闯进梅活的藏身处的月，命令魅上照用死神之眼看清梅洛的真实姓名以便杀死她，同时他计划借海砂之手除掉基拉对策室的全体成员。然而，尼亚事先让渡把魅上照的笔记调了包。这时，一直配合尼亚行动的模木等人现身，模木把总一郎生前的对他们的嘱托告诉了月。在尼亚播放的L遗留视频的最后部分中，L要月选择是认输赎罪还是就地迎接死亡，而且不管哪种，月都输了。…

　　为了救出妆裕，总一郎和月拿着笔记本前往日村指定的地点。模木等人也按尼亚的指示，伺机闯入现场支援。月、总一郎与日村对峙。就月将死亡笔记交给日村的一瞬间，总一郎去救妆裕，而与此同时，尼亚的身体发生变化，尼亚的另一个人格梅洛占据了身体，而梅洛便是操纵日村的幕后主使者。梅洛支走了特种部队，带手下控制了模木等人，就这样，日村一伙从月手中顺利夺走笔记本。但是，月仍想利用这种形势夺回笔记本并计划了周密的作战方案。根据妹妹的证言，月知道了日村一伙中某人的真实身份。他指示海砂和魅上照追踪那伙人。死亡笔记被抢走，基拉对策室陷入山穷水尽的境地，不过，有人自称“基拉”打来电话，告知了日村的藏身处。总一郎对那人提供的情报的真假心存疑虑，而月却极力主张立刻行动，最后，束手无策的基拉对策室只能按这个线索追捕日村、梅洛。果然，警方抓住了梅洛，但日村下落不明。然而，正当身为检察官的魅上照打算利用提审梅洛的机会发现她的真名时，梅洛却逃跑了。月的计划被打乱。另一方面，L死后，总一郎总觉得月的言行十分可疑，他看了渡拿出的L遗留的录像后得知，现在发生的一切都在L的计划之中。在魅上照的帮助下，月成功地让日村拱手交出死亡笔记本。黑色死亡笔记本失而复得，就在月激动万分之时，背后传来总一郎的声音。儿子是基拉的事实让总一郎心痛不已，为了让月幡然悔悟，他毅然在笔记本上写下自己的名字。…

　　借助魅上照的“死神之眼”，月终于将L的本名L.Lawliet写在笔记上。然而，早有防备的L对笔记做了手脚，真的死亡笔记已交给总一郎保管，月拿到的不过是渡制作的赝品。终于确认月就是基拉的L敦促月自首。与此同时，总一郎等人也赶到现场，突然事态发生重大变化，L被害。月确信这次是赢了L，决定尽早取回笔记，遂以为好友L报仇为名继续留在基拉对策室。但是，在L墓前，渡向基拉对策室的成员展示了L生前录好的视频，L指定尼亚成为他的继承人，而且叮嘱她和基拉对策室的成员一定不能让基拉夺回笔记。尼亚来到对策室，很快推理出杀死L的凶手就在那日来基拉对策室收缴火口一案证据的检察官中，让众人刮目相看。另一方面，她却对总一郎的儿子、L的生前唯一的朋友夜神月缺乏警惕，这让月不禁洋洋得意。月让海砂恢复了关于笔记的记忆，从此以后，月、海砂与魅上照三人联手铲除罪犯。基拉肃清罪犯的势头越来越猛烈，并渐渐成为得到人们压倒性支持的人物。为了早日实现没有犯罪者的世界，月再三试探父亲，想夺回黑色死亡笔记。这时，夜神妆裕被绑架了。总一郎接到绑架者打来的电话，犯人要求用死亡笔记做交换。尼亚断定是基拉绑架了妆裕，月则决定利用这个机会夺回死亡笔记。通过侵入监控摄像头系统，尼亚在录象中找出了绑架妆裕的犯人——基拉对策室成员日村章子。月与总一郎去救妆裕，与此同时，尼亚也开始了自己的行动。…