高杉和桂在时间激流中，目睹无限斋的真面目。目标是决战之地，巨城须佐之男。一如既往劝谏高杉的桂，与坂本、庆喜等人的身影出现了。另一方面在城里，只见近藤等人的新选组也各自有所动作。再加上时辰仪宛如拥有“意志”一般，开始冒出诡异的黑色瘴气。此时爆炸声突然响遍须佐之男城。如今，活在风云剧变下的志士们，赌上生存之道的战斗，终于迎来最终局面！

在狱门岛的比赛过后，晴明的身体忽然浮上空中发出光芒。高杉受到激流的亮光吞噬，清醒过来便发现那里是安政五年的萩城城下町。以吉田松阴为首，他和怀念的同门生久坂玄瑞、伊藤俊辅等人重逢。另一方面，同样受到亮光吞噬的桂，在里头遇见了晴明。然后高杉再次跨越时间，飞到了安政六年吉田松阴处决的瞬间。若是现在就救得了松阴老师，可是那样一来就跟无限斋一样了。出现在因纠结摇摆不定的高杉面前的则是……

近藤、冲田和小藤结束。除此之外，也有人说：“这是一件很重要的事情。”“狱门岛”。而在“黑蛇”的神秘男子引导之下，近藤等人进行了危机。那个男人的真正的身份，是因为在飞船上开始进入小岛的高杉的作品。让我跑去的小岛而合作的四人，其他的生命命运是怎样的！？