《废头》故事描述未来地面被污染到无法生存，人类开始朝地底开发，并创造人工生命体代为劳动，而人工生命体却反抗人类接管了地底世界。由于新型态的病毒感染肆虐，所剩无几的人类又减损了近30% 的人口，此时人类以基因改造获得了长生，相对地也失去生育能力，创造新生命成为人类世界复苏的关键。为了拯救人类，主角只身前往地底世界，展开一场惊人的冒险。