大木研究所！全员大集合!!

让人淡忘激烈的战斗生活的故乡，真新镇。小智回来了。久违的小智妈妈看来显得很开心。交给大木研究所保管的神奇宝贝们也因为与小智等人重逢而高兴得不得了。小智等人为了征服下一个目标对战开拓区，打算休息片刻，企图捕获大量神奇宝贝的火箭队一伙人又跑来攻击。