集进化！它的神秘与奇迹!!

小智一行人准备前往金黄市参加神奇宝贝华丽大赛，途中他们在一座森林里迷路，遇到了善吉和他的绿毛虫、以及哥顿博士，哥顿博士喜欢研究各种有关神奇宝贝的新发明，火箭队跑来偷他的发明，结果使得绿毛虫不小心吞下了哥顿博士发明的药丸，绿毛虫开始变大…