优胜将落入谁手中？神奇宝贝定向越野竞赛！

由于下一个目的地是位在金属岛的第五个对战设施「对战宫殿」，小智一行人便搭船旅行横渡海洋。途中路经香草岛时，得知当地有举办考验训练家与神奇宝贝感情的例行活动「神奇宝贝定向越野竞赛」，小智一行人也兴致勃勃地报名参加。而且连火箭队的小次郎也跑来参赛了。为了让小次郎赢得胜利，武藏和喵喵拼命地干扰小智他们……