古代神奇宝贝与神秘军团！

小智与皮卡丘在芳缘地方展开新的冒险之旅。由於诸多原因，为了与新人神奇宝贝训练家小遥一起登录参加芳缘联盟，正往神奇宝贝中心所在的古辰镇前进。小遥对神奇宝贝的用法依然很生疏，一路上可用手忙脚乱来形容。最後勉强来到神奇宝贝中心的一行人，从在中心研究古辰遗迹的梅兹博士那里听到有关古代神奇宝贝之谜的故事。据说博士最近已解开该谜题。也就在这个夜里，数个男人突然出现把梅兹博士与小智等人掳走。这些神秘男子的目的到底是什麼？古辰遗迹到底隐藏著什麼秘密？