秘密之水池！好多的水跃鱼！？

为了打败武斗道馆的道馆训练家藤树，持续旅行的小智一行人，把锻炼自己和寻找珍奇的神奇宝贝当为目标，而来到了一座沼泽。一行人和「沼鱼神奇宝贝」水跃鱼以及沼泽的主人认识。不管什么，来到这里的都得将初学者用的蛋送回培育的地方？向来以打工谋生的小刚倍感兴趣，这时打算夺走水跃鱼的火箭队出现了！然后管理水量的控制器却出了问题，水跃鱼群们被大量的水冲走了！！到底小智一行人得怎样面对这个危机！？并且保护水跃鱼群们呢！？