保护海之博物馆，火岩队的袭击!

神奇宝贝华丽大赛告一段落，小智等人在凯那市停留了最后一天。小遥与小刚到市区买东西，小智与小胜和皮卡丘决定到海之博物馆参观。很不凑巧，博物馆刚好休馆。小智等人遇到了库斯诺吉馆长，并被带入馆内参观。在那里，小智等人看到了罕见的烧焦的神秘岩石。此时出现了企图夺走博物馆展示品的火箭队，将小智等人关进牢笼内。然而比他们更早一步潜入馆内的火岩队又跟火箭队发生冲突。两派人马为了宝物，突然展开了战斗…