大木博士与小田卷博士秘密基地之战

在橙华道馆得到第五个徽章的小智一行人，在前往茵郁市之前，决定先到小田卷研究所一趟。在那里遇到小田卷博士的小智等人，知道博士正要去迎接大木博士，于是就跟随着一起去了。然而，应该在研究所的小遥与小胜，却偶然先遇到大木博士。小遥等人想让大木博士看看地方上难得一见的训练家专用的神奇宝贝，可是正好被趁虚而入的火箭队给抢走…