妙蛙种子与妙蛙种子抢回神奇宝贝球

小智等人路过一个都市，使用神奇宝贝中心的电视电话与大木博士取得连络，让博士传送小智的妙蛙种子过来，与小遥的妙蛙种子一起玩耍。然后，传送开始了，可是什么东西也没有过来。原来是有人伪装成技师，假藉修理故障的机会，改造传送机，将传送过来的神奇宝贝球夺走。为了拿回被偷走的神奇宝贝球，小智等人赶忙追上去，但是…