珍珠贝与跳跳猪！寻找珍珠！

小智等人在前往瑞弗勒岛的途中，发现了搭着小船漂流的跳跳猪。跳跳猪把头上的珍珠搞丢了，非常困扰。于是神奇宝贝们就潜入海中帮忙寻找，偏偏怎样都找不着。此时，出现一位叫做伊崎的研究学家，告诉他们只要找到「双壳神奇宝贝」珍珠贝就可以了。在伊崎的向导下，小智等人来到珍珠贝研究所，看到罕见的蓝珍珠。并且，火箭队的人也跑了过来...