猎斑鱼与樱花鱼！进化之谜！

小智等人来到伊吕波三岛。一行人把没有元气的力壮鸡交给岛上的神奇宝贝中心，意外偶遇小田卷博士。原来他是来调查珍珠贝为何在特定岛上，只会进化成猎斑鱼或樱花鱼的谜题。根据博士的研究，解开进化的秘密的关键，在于「深海之牙」与「深海之鳞」上头。小智等人为了解开海底谜题，与岛上的少女奈美子一起前往古老传说中的洞窟...