再见了，小智版甲贺忍蛙！库瑟洛斯奇的回击!!

大家都以为闪焰队的事件已经彻底结束了，但是默默逃出的库瑟洛斯奇再次开始了他的行动。为了阻止他的野心，于是小智与小智版甲贺忍蛙向他进行对战。 为了和黏美龙告别，向湿地出发的小智一行人，归来的途中遭遇了与闪焰队事件相同的暴走植物，藉著小智版甲贺忍蛙的力量将之击退了，然而这时，闪焰队的科学家库瑟洛斯奇出现并绑架了希特隆。随后，小软和Z2出现并说需要甲贺忍蛙的力量，与小智讨论后的结果是...?