第二季以莎拉不顾一切的寻找她失踪女儿基拉的故事开始，她以其焦土战术（军队撤退时摧毁一切敌军可利用之物）与支持克隆人的雷切尔开战，使得所有克隆人都处于被分化和受到威胁的境地之中，一旦Sarah发现了更多关于她的过去的事，神秘的新角色也随之而来，他们面临着信任危机。