出发！？双叶镇到真砂镇！

小光是住在神奥地方的十岁少女。今天是她以新人神奇宝贝训练家身份出去冒险旅行的日子。她为了拿到第一只神奇宝贝，朝向隔壁镇的神奇宝贝研究所前进，但是中途却迷了路。而此时，新人用的神奇宝，草苗龟、小火焰猴、波加曼，刚好在研究所内大打出手，导致研究所内的神奇宝贝们也窜逃出去…。