受到小茂的刺激，小智这次决定到『神奥地区』旅行。在那裡有位叫小光的十岁女孩，正准备前往邻镇和当地的博士领取她的第一隻神奇宝贝。之后她和小智因缘际会共同行动，一路上会有什麽崭新的冒险呢？前所未见的上百隻新神奇宝贝也将在此闪亮登场！