在西元200X年，由於網路科技的日新月異，人類已經進入了一個全新的時代-網路時代。每一個人皆會隨身攜帶PET，PET類似小型的個人電腦，其中安裝有稱之為「網路領航員」的人工智慧電腦。PET及網路領航員的發明為人類的生活帶來許多好處，但是網路駭客、病毒的傳播及高科技的犯罪也成為日益嚴重的問題。

光熱斗是個國小5年級的學生，住在秋原鎮。在他升上5年級的時候，父親設計了一個個人的網路領航員-洛克人作為禮物，於是他與學校的好朋友們組成了一個網路領航員的團隊，專門解決網路上所發生的問題，結果他們發現，這些神秘犯罪的始作俑者就是邪惡組織WWW。為了阻止ＷＷＷ組織網路領航員的破壞計畫及散播病毒，洛克人不斷地與之戰鬥。在神秘人與伊集院炎山的幫助下，光熱斗與洛克人勇敢地打擊犯罪，並且逐漸發掘出 WWW組織真正的目的。