江户时代末期，压境的不是美国人的黑船，而是外太空生物的宇宙飞船。
面对强大的外星侵略者“天人”，幕府束手无策。然而民间却有着一批忧国忧民、坚持抗敌的志士，其中包括桂小太郎、高杉晋助，以及外号“白夜叉”的银发武士坂田银时。他们在绝对不利的劣势中百折不挠。然而经过多年的战斗，最后他们失去了亲友、师长，迎来了无奈的败局。
江户城完全被天人所控制，幕府成了傀儡。幸存下来的银时和朋友们经营着接受各种委托的万事屋。桂潜伏起来暗中进行攘夷活动。高杉致力于组织力量，不择手段对抗天人的统治。
有一名神秘剑客来到江户，桂在他的剑下不知所踪。他拥有妖刀“红樱”，这是一柄具有人工智能、能根据作战记录进化的恶魔兵器。高杉复活了最强的战斗集团“鬼兵队”，利用“红樱”的力量展开行动，甚至不惜于旧友兵刃相向。与此同时，银时、神乐、新八则接受了伊丽莎白的委托，寻找失踪的桂。
桂究竟到那里去了？银时与夕日盟友高杉的对决将迎来怎样的结果？！
