佛经里说，无间是八大地狱之中最痛苦的一个。本片以“无间道”作为片名，显然寓意深刻。两个身份都本不该属于自己的人，他们几乎生活在一个类似无间地狱的环境里，做梦都怕别人拆穿自己的身份。这个世界里，到底什么才是生活的道理、做人的道理，角色的茫然也就是编导对这一问题的深入探讨。进入无间地狱是没有轮回的，只有永远受苦，但片中的两位主角却在寻求轮回。
1991年18岁的三合会会员刘建明（刘德华饰）听从大哥韩琛（曾志伟饰）的指示进入警校学习，成为警方卧底。而同时警校中的另一名学生陈永仁（梁朝伟饰），受警方安排表面上将其强迫退学，实际上则是让他进入三合会当卧底。刘建明从警校毕业后顺利的进入警局，并且职位步步高升，已成为刑事情报科A队的一员，在此期间他利用各种机会为韩琛提供了大量的情报。而陈永仁在这些年以来已经得到了韩琛的初步信任，但由于韩琛的案件始终没有破，他永远只能呆在黑帮，只有黄警督（黄秋生饰）与他单线联系。2002年的一个晚上，根据陈永仁卧底情报，获知一批毒品即将交易，而交易的一方为韩琛，但由于当时刘建明及时将消息传给了韩琛使其成功逃脱，不过因此双方发现各自的内部俱有“内鬼”，于是一场激烈的角斗由此展开。在最后的结局中，双方“内鬼”都认出了自己的身份，不过刘建明抢先一步，已经将陈永仁在警察局的档案删除，但在删除之前，保留了一个备份，密码是女朋友Mary的生日。最后陈永仁也死在了韩琛的另一个警方卧底枪下。
