1999年，侯怡君出演了首部电视剧《君子兰花》，从而正式进入演艺圈 。
2000年，在民国情感剧《九龙传说》中担纲女主角，一人分饰二角，饰演了母亲月娘和女儿明月。
2002年，出演了陈昭荣主演的三立八点档《台湾霹雳火》，在剧中饰演杨万斤的妻子林丽花 。
2004年，出演了陈昭荣、叶全真主演的三立八点档《台湾龙卷风》，在剧中饰演坏女人林安娜 。
2008年，在民视八点档《娘家》中饰演为了替自杀的哥哥偿还债务，而到酒店上班的郑凯莉 。
2009年，出演了王识贤、李政颖、方馨、柯叔元主演的民视八点档《夜市人生》，在剧中饰演郑凯莉，与王识贤、王灿有对手戏 。
2010年，凭借主持《猪哥会社》获得第45届金钟奖综艺节目主持人奖。
2011年，客串民视八点档《父与子》，在剧中饰演名扬集团40周年庆晚宴主持人；同年，出演了首部电影《带一片风景走》，在剧中饰演女一号秀美。
2012年，与何豪杰搭档主持《笑林舞功盖天下》 ；之后，出演了由柯叔元、白家绮、王建复主演的民视八点档《风水世家》，在剧中与陈宇风饰演一对恋人 ；同年，凭借主持《猪哥会社》入围第47届金钟奖综艺节目主持人奖 。
2013年，在7Headlines频道发起的“想呼她巴掌的台湾恶女TOP5”网络票选活动中，侯怡君与苗可丽、丁国琳、连静雯、游诗璟被评为“经典台湾5大恶女代表” 。
2014年，在除夕特别节目《民视第一发发发》带领20名舞者大跳百老汇大秀，收视率最高飙到7.69 ；同年，出演了王敬聪执导的舞台剧《台北纽约之小王的后宫任务》，这是她首次出演舞台剧 。
2012年8月，侯怡君和小她5岁的舞蹈老师卜元在《舞力全开》相识。2012年10月，她答应卜元的求婚。2013年2月，卜元在Facebook上公开婚约、甜蜜合照和婚戒。2013年7月，侯怡君与卜元分手 。
2010年11月18日出席国际身心障碍日系列活动 。
2011年出席第九届罕见疾病奖助学金颁奖典礼活动。
侯怡君表演功力深厚，无论是好笑荒谬还是令人动容的，她在舞台上都非常突出（王柏森评） 。侯怡君演坏女人坏得很彻底，不管是《台湾龙卷风》里的林安娜，还是《台湾霹雳火》的林丽花，常以泼妇骂街的方式来诠释坏女人的角色，这样的表演方式是新奇的，也非常受到观众的爱戴（YES娱乐评） 。
