1981年9月至1985年7月在华中农学院农业经济系学习。
1985年7月至1998年7月在农业部工作,历任体制改革经营管理司副主任科员、农村合作经济指导司主任科员、农村合作经济指导司副处长、办公厅部长办公室正处级秘书、部长办公室副主任。
1987年02月至1988年03月挂职任山东省安丘县景芝镇副镇长。
1998年07月至1999年12月中央财经领导小组办公室借调干部。
1999年12月至2002年12月任中央财经领导小组办公室助理巡视员。
2002年12月至2003年09月任中央财经领导小组办公室巡视员。
2003年09月至2006年05月任国务院研究室社会发展研究司巡视员。
2005年01月至2006年02月挂职任中共江苏省淮安市委副书记。
2006年05月至2009年03月任国务院研究室社会发展研究司司长。
2009年03月至2013年04月任国务院研究室教科文卫研究司司长。
2013年3月至2014年3月任科学技术部党组成员、秘书长。
2014年3月至2014年6月任科学技术部副部长、党组成员、秘书长。
2014年6月任科学技术部副部长、党组成员。
2015年6月任科学技术部副部长、党组成员,直属机关党委书记。
2018年4月,国务院任命李萌为科学技术部副部长。
党的十九大代表