2003年,执导个人首部电影《15》,该片获得第16届新加坡国际电影节国际影评人联盟奖 、亚洲电影节“特别评委会奖” ,并成为了第一部被威尼斯电影节“未来金狮奖”提名的新加坡影片,其个人也凭借该片获得第5届布鲁诺斯艾利斯独立电影节“最佳导演奖” 。
2004年,陈子谦被《时代》周刊评为亚洲风云人物 。2005年,执导剧情短片《D.I.Y》;同年,担任短片《cut》的导演。2006年,执导剧情短片《HotelVladivostok》。
2007年,执导由戚玉武、杨雁雁共同主演的喜剧电影《881》 ,该片入围鹿特丹电影节,并作为新加坡奥斯卡外语片送选 ;同年,执导剧情短片《下雨了》。2008年,执导由戚玉武、王欣、刘玲玲联袂主演的剧情电影《12莲花》 。2009年,执导爱情短片《周年纪念》;同年,执导儿童短片《小字条》。
2013年,与蔡明亮、陈翠梅等联合执导短片《南方来信》;5月16日,由其执导的微电影《薄饼》上线,该片通过一个感人故事展现了新加坡华人对中国传统饮食及其文化的传承 ,获得首届国际微电影展“评委会大奖” 。2015年,与巫俊锋、邱金海等联合执导剧情电影《七封信》 ;同年,执导由蔡淳佳、刘玲玲、黄烔耀联合主演的剧情电影《想入飞飞》 。
2017年12月8日,担任第2届澳门国际影展评委 。
陈子谦关注新加坡的底层现实,具有强烈的批判意识和个人风格。陈子谦电影中反复出现的闽南歌谣,不仅揭开了新加坡精英化国家形象的假面,更通过怀旧情绪的营造表达出对新加坡社会现实的批判,体现了陈子谦电影对新加坡主流意识形态和现代性的多重反抗。在陈子谦的电影中,新加坡的底层华人群体一直是主要的再现对象,影片中的这些人物大多说着一口夹杂着闽南方言的华语普通话,不断在公共空间里与其他语言的使用者产生摩擦。在陈子谦的电影中,七月歌台是闽南歌谣演唱的主要场所。在对歌台进行再现的时候,陈子谦一般都会采用固定的机位,画框里只出现歌台的风貌和表演的情况,歌台空间和其他空间绝不交替出现。独特的闽南歌声和歌台风光迎合了海外观众对新加坡的异域想象,也是陈子谦电影能够备受国际电影节青睐的一个重要因素 (《四川戏剧》评)。