1986年至1991年任温州中学校长,1993年至2004年任温州市教育局教研室主任,现任温州市教育局教学顾问。1987年起连续担任中国生物教研会理事,并任浙江省生物教研会副会长、自然科学教研会副会长。1999年起受聘担任教育部基础教育课程改革专家工作组专家;国家科学课程标准研制组副组长、高中生物课程标准研制组核心成员、教育部初中小学科学教材和高中生物教材审查委员;北京师范大学兼职教授,浙江师范大学生物教育硕士导师,中国科学教研会副会长。
余自强是1985年温州市劳动模范、温州市特级专业技术拔尖人才,1994年评为浙江省特级教师,1999年享受国务院政府特殊津贴,2001年评为全国模范教师。
2021年10月,余自强去世,享年76岁。