从神奇宝贝研究的权威大木博士获得第一只神奇宝贝小火龙的少年小赤展开了冒险。小赤的目的就是为了帮博士完成神奇宝贝图鉴的收集工作。因此他和小火龙一起和各种神奇宝贝相遇并战斗。在战斗中，小赤遇到了作为对手的小绿，并和其一起与火箭队展开战斗。