小智、比卡超以及一班好朋友遇到宠物小精灵拉帝欧斯和拉帝亚斯，这对感情非常要好的兄妹一直默默地守护著水都的秘宝心之结晶，但是，一对怪盗姊妹看上这件秘宝并开始进行抢夺行动，就在怪盗姊妹抓了拉帝欧斯启动心之结晶的封印时，海水开始淹没水都，小智和比卡超他们怎样解决这场危机？