第二季的故事紧接着第一季，John Reese求助他在纽约警局凶杀科的侦探朋友的帮助，终于将Finch救出，却被Root逃脱，看似恢复如初的生活，其实暗藏危机，除了Root以外，他们还要找出HR真正的幕后黑手，另一方面，联邦调查局和中央情报局都在不遗余力地想要找出John，只要机器存在一天，这个城市仿佛从来不让他们休息。