故事发生在战国时代。出生于普通忍者家庭的猪名寺 乱太郎为不负父母的厚望成为精英忍者而进入学忍术学校。在那里认识了富商的儿子新兵卫和战争中丧失父母的雾丸，并成为好友，组成了“三人组”。乱太郎三人在忍术学校发生了许多有趣的故事，乱太郎等也常卷入各种各样的事件。小忍者们充满正义感，面对任何困难都努力解决。