艾米走后谢尔顿生活中又出现了另外一个女生，一个他的迷妹现在在谢尔顿所在的大学读博士，这个女生长得眉清目秀的金发碧眼还是一个国家的游泳队选手。在吃午饭的时候，谢尔顿把她介绍给莱纳德他们还炫耀她送给谢尔顿的三角巧克力。莱纳德他们惊讶的发现，那个女生居然把谢尔顿逗笑了而且她碰谢尔顿的时候他居然没有很反感地甩开他，在那个女生的眼睛里他们都能看出来她对谢尔顿有意思。

伯纳黛特和佩妮知道这件事的时候也很恐慌不知道该不该告诉艾米，又觉得有可能谢尔顿只是把她当朋友看，怕艾米担心后来就没有告诉她了。艾米和谢尔顿视频的时候问谢尔顿最近的近况，谢尔顿说最近跟那个女博士玩得很开心，艾米就炸了，挂掉电话去质问佩妮和伯纳黛特为什么没把这件事情告诉她，并让佩妮无论如何要让那个女生消失，她好不容易才跟谢尔顿在一起的。谢尔顿和女博士一起游泳完带她回家跟莱纳德他们一起吃饭，伯纳黛特为了避免发生什么故意坐在她和谢尔顿的中间。吃完饭后谢尔顿想给她看一些别人给他写的信就把她带回了自己的公寓了，大家都慌了不知道该怎么办，正当谢尔顿和女博士在公寓里看信的时候艾米发来视频邀请，谢尔顿接了视频将女博士介绍给艾米，艾米的脸色很难看，莱纳德晚一步才打电话给艾米，艾米生气地挂掉电话。大家一起送女博士回家后，佩妮单独找谢尔顿谈话，说那个女博士可能对他有意思，但是谢尔顿明白不了因为女博士知道他已经有女朋友了，而且他其实都没怎么把她当做一个女生看待，佩妮很无奈。

第二天女博士又来找谢尔顿吃饭，谢尔顿想起昨天佩妮讲的话就直接问她说是不是想和自己发展成为男女朋友，女博士就亲了谢尔顿，谢尔顿就懵了直接走出自己的办公室，打车去机场坐飞机去找艾米。艾米在公寓里听到谢尔顿敲门的时候吓了一跳，打开门发现谢尔顿拿着戒指单膝跪地在她的门口。

（本季终） 

…

经过一年的努力，为空军研发的量子陀螺仪终于完成第一阶段，制作出了原型机。晚上，大家还一起举杯，预祝即将开始的测试阶段成功。可意想不到的事情发生了，第二天当谢尔顿、莱纳德和霍华德走进空空荡荡的实验室，发现所有的器材，包括原型机都被人搬走。问过威廉姆斯上校才知道，此后的工作全部由军方接手，不再需要第三方的协助。三人沮丧的回到公寓，正看到其他人在聊天。研究成果就这样被人拿走，三人垂头丧气的坐下来，希望能听到点好消息，疏缓一下郁闷的心情。本来艾米有个重要消息，她得到了普林斯顿大学的奖学金，要去任访问学者，为期几个月时间。因为担心谢尔顿，艾米才一直犹豫要不要去。现在看到谢尔顿的神情，她更害怕会伤害谢尔顿脆弱的心灵，只好暂且压下，把刚才谈到拉杰要搬到伯特家住的消息，说了一遍。听了这消息，大概只有莱纳德能高兴得起来。问题是，纸不可能包得住火。艾米尽量想哄谢尔顿开心，等谢尔顿心情好了再说。只是谢尔顿为了失去项目的事，总是高兴不起来。艾米不停的暗示他能独立生活，连情商为零的谢尔顿都听出来艾米要离开的意思。听到艾米要去普林斯顿大学，一夜之间失去项目和女友，谢尔顿彻底懵了，失望转而变成愤怒，气哼哼的把房门一摔，自己呆在卧室里不肯出来。无计可施的艾米找两个闺蜜帮忙，想找出个解决办法。从伯纳黛特的反应来看，霍华德也正处于特殊时期，总是围着伯纳黛特转，打发无聊的时间。讨论下来，两个闺蜜的意见都是支持艾米去普林斯顿，可在安慰谢尔顿方面，谁都想不出好办法。此时此刻，莱纳德正欢天喜地的帮拉杰搬家，虽然不便明说，不过莱纳德的确很高兴能再次过二人世界。这时两人听到传来忧郁的口琴声，谢尔顿正在安抚受伤的心灵。拉杰的意思是，谢尔顿可以搬回以前的房间，和莱纳德、佩妮住在一起就不会寂寞。话还没说完，拉杰就被莱纳德赶了出去。莱纳德以自己的经验，艰难的让谢尔顿明白一个道理，爱一个人就要放手。谢尔顿对莱纳德讲的大道理似懂非懂，但他还是决定支持艾米。支持的方式就是为艾米买一个质量超好，就算坠机也不会破损的行李箱。在出发前，谢尔顿还喋喋不休的关照这关照那，俨然成了贴心小男友的样子。…

谢尔顿发现最近自己的学习和反应能力下降，用了一个星期学习手机升级后的新功能不说，玩个“守望先锋”还被几个初中生狂虐。对于打游戏输给中学生，谢尔顿耿耿于怀，看了一堆书后，一篇研究“让大脑青春永驻”的文章引起了他的兴趣。简单来说就是拼命折磨大脑，让大脑生出更强壮的神经和更光滑的皮层。鉴于谢尔顿的智商，理论知识方面的事情已经没有什么能让他的大脑全速运转，拉杰就试着从谢尔顿最不擅长的烘焙入手。哪知谢尔顿学什么会什么，第一次烘焙出来的牛角包就香气四溢，拉杰吃得都停不下来。艾米就提出建议，可以试试运动技巧。说到运动技巧，谢尔顿想到去找霍华德，他那些从小保存到现在的马戏玩意可能会有帮助。在练习抛接球扭伤了柔嫩的胳膊后，谢尔顿把独轮车借回了家。可艾米外出回到家，看着谢尔顿骑在独轮车上，两手死死抓着钉在两面墙壁间的绳子不敢动弹的样子，真有点后悔自己乱提建议。最终谢尔顿还是放弃了，不过被艾米说成是半途而废的人，让他很不高兴。当然谢尔顿的的怒气也没持续多久，很快就“半途而废”了。对门的佩妮则有了个换工作的机会。她和两个闺蜜在酒吧喝酒时，偶遇前男友扎克。扎克最近刚订婚，寒暄了几句后，便邀请莱纳德和佩妮有时间吃顿饭。说实在的，莱纳德真不想去跟扎克吃饭，只是碍于佩妮的面子才很不情愿的赴约。到了餐馆才发现只有扎克一人，他的未婚妻临时有事，没法过来。席间三人聊得还算不错。谈到工作时，扎克说起自己的菜单印刷厂需要招一名销售员。佩妮动起了心思，她本就不太喜欢在推销时尽量掩饰药物副作用的推销手法，而且她又有餐厅工作经验，到餐厅去拉些订单应当得心应手。为了是否去扎克公司工作，莱纳德和佩妮在回家的路上发生了争执。佩妮的确想换份自己喜欢的工作，莱纳德心里则总觉得不舒服。两人分别找自己的朋友想讨论出个解决办法，可霍华德和拉杰两个家伙根本帮不上忙；而伯纳黛特在家里是绝对的强势，她的意见对佩妮也没多大用。当两人冷静后再次商量这事时，都不想让对方难受。莱纳德选择了让步，省得以后佩妮怪他阻碍了自己的事业发展。在给扎克打了电话后，事情有了变化。扎克的未婚妻不同意，为此扎克额头上还多了一个包。不论怎样，这也算是一种圆满解决的方式。…