铁道博物馆、京都铁道博物馆、磁悬浮·铁道馆的地下深处潜藏着特务机关“新干线超进化研究所”。该研究所为了从“漆黑的新干线”所诞生的巨大怪物体手中守护日本的未来,开发了“新干线变形机器人Shinkalion”。