停泊在的蒸气船的爆发，骚然的港口。

陆奥守在船内帮助生存者的同时，也要向救助的人们的懊悔作为部队长的和泉守。

感情用事陆奥守，冷静諭そ打算和泉守。

赶造的组成，分别是孤立的第二部队的刀剑男士们。

在这个时代，外国人加以排斥浪士们利用时间溯流而上军考虑了和泉守们，分两路浪士们的动向。

但是听到了他们的思想的陆奥守，是担心他们的。

陆奥守吉行·药研藤四郎·蜻蛉切3位新成员加入了抵抗时间溯行军的审神者和泉守的队伍。在城内执行任务的陆奥守亲眼看到的是，时间溯行军的杀害了城内的武士。对于时间溯行军的真正目的不了金额的和泉守等人，继续留在这个时代调查。审神者组织了由和泉守兼定·陆奥守吉行·堀川国广、药研藤四郎·蜻蛉切五人组成的第二部队，并由和泉守担任队长。

审神者召集了付丧神——刀剑男士。和泉守兼定为了抢走以改变历史为目的的时间溯行军所夺走的货物，与初次上阵的堀川国广一起向幕府末期的世界出征。在顺利完成任务后，两人接到了新的指令：文久三年的城下町，有新的时间溯行军出现了。和泉守兼定与堀川国广一点点收集信息，与出现的时间溯行军对战。然而因为和时间溯行军的人数差，两人很快变便招架不住，陷入了绝境之中。此时在两人面前，主人“审神者”出现了。