内容为联邦调查局特别探员史卡利被调入和另一特别探员穆德一同办理X档案。穆德因其妹莎蔓莎幼年失踪，怀疑是被外星人绑架而对研究外星人产生兴趣，联邦调查局当局希望借史卡利的科学观点把穆德拉回主流。结果是，史卡利也陷入X档案中而不能自拔。本季内容除了外星人，还有不可解释的自然现象、基因突变的怪兽、古老的咒语与传说。