为了不扰乱时间流克兰和艾比并未向贝琪透露他们来自未来世界而是对她说了谎言，克兰在修复魔盒时出现纰漏艾比被魔盒汲取了宝贵的东西，贝琪回到原来的世界，克兰、艾比带着魔盒返回断头谷。 　　艾比和克兰回到档案馆发现父亲也在，珍妮向他们述说了乔的事，他们为此感到遗憾。克兰去找潘朵拉，珍妮父亲接手处理乔的事，丹尼尔和苏菲留在联调局观察情况。艾比一行到达潘朵拉被困的地方，艾比和珍妮利用希腊之火吸引隐藏者注意，克兰则乘机将魔盒交于潘朵拉，潘朵拉启动魔盒吸走隐藏者的力量，就在快要成功之际魔盒停止了，它需要艾比的力量，为了阻止隐藏者恢复力量艾比牺牲了自己，隐藏者失去能量，克兰为艾比的消失感到悲伤。潘朵拉得到了隐藏者的力量克兰意识到潘朵拉欺骗了自己，珍妮的提醒使他明白要找回艾比还是需要潘朵拉的帮助。 　　克兰要找出办法对付潘朵拉。艾比在未知境界碰见了科尔宾并与之攀谈，乔出现。潘朵拉在教堂施法众人害怕逃走，克兰找到潘朵拉并利用头颅唤出无头骑士与之对抗，最终潘朵拉战败并告诉克兰：艾比已经死亡，克兰无法接受，随之爆炸的潘朵拉魔盒让克兰见到了艾比，艾比向他告别。克兰、珍妮接受事实。 　　克兰来到墓园探望艾比巧遇艾比的父亲，艾比的父亲告知克兰:艾比的灵魂会在新人员中永续一定要尽快找到她,还交给克兰一份华盛顿手写的信并且叫他要小心。克兰被联调局唤走，故事未完待续。…

艾比、克兰在决定重返陵寝之前为彼此准备了喜欢的食物。丹尼尔加入队伍，他们制定了周密的计划：艾比、克兰进入陵寝修复潘朵拉魔盒；其他人尽力拖延隐藏者为前者制造时间。时间紧迫，艾比和克兰立即前往特拉华河，其他人留在档案馆想出拖延隐藏者的方法，在潘朵拉的帮助下珍妮、乔等有了目标地：熊山（隐藏者将在熊山上释放沙漏能量）。艾比和克兰来到特拉华河在贝琪的旗帜指引下前往陵寝。 　　艾比和克兰沿着河径到达岸边看见遍地尸首，克兰发现是此前华盛顿的船员。来到熊山，潘朵拉利用指南针指挥队员制造魔力小径企图干扰隐藏者。克兰在尸身上发现了贝琪留下的纸条得知此前的船队出现背板者。珍妮一行的行动被隐藏者发现。克兰在僵尸身上获得了一条黑魔法符咒，并且根据纸条上的线索他们找到了通往陵寝的路口。潘朵拉的指南针被毁，乔决定回车房内利用地图得到确切坐标让魔力小径能够顺利完成，珍妮则前去侦查，但在侦查途中临时改变作战计划决定偷袭隐藏者。乔完成任务准备回归途中遇到珍妮父亲。 　　珍妮偷袭失败，乔被隐藏者变成野兽，野兽攻击珍妮父亲。潘朵拉决定亲自面对隐藏者争取更多时间。珍妮及时返回家中暂时解救了父亲。丹尼尔和苏菲来到魔力小径最后的坐标位置。 　　克兰和艾比随着潘朵拉给的提示来到陵寝的内室，意外发现贝琪的尸体，她已经被困在这里几个世纪，克兰感到悲伤。珍妮的父亲带着珍妮来到暗室取武器解救乔，珍妮意外父亲知道所有的事。克兰决定为贝琪举行简单的告别仪式时艾比发现贝琪未死，贝琪苏醒。丹尼尔和苏菲将最后一根钉子定位，魔法小径生效，隐藏者大怒。 　　珍妮和父亲准备解救乔，但是咒语对它不起作用，情急之下珍妮开枪打中乔，乔恢复原形重伤不治，珍妮后悔不已。最后的时间到了，隐藏者破会魔力小径汲取了最终力量，它将毁灭世界。贝琪讲述了自己来到陵寝后的一切，克兰和艾比发现她的时间仍然停留远古以前为此感到震惊。…

隐藏者已经对潘朵拉失去信任并想在日落之前将他们毁灭。艾比和珍妮在吃早饭时父亲突然来访并交给她们一本相册。潘朵拉来到共济会牢房找魔盒碎片却被克兰遇见，即将到来的死亡让她意识到必须与见证者联手阻止隐藏者，她告诉克兰唯一的方法就是重回陵寝重铸潘朵拉魔盒。克兰紧急叫回艾比告诉她潘朵拉来意，时间有限他们决定找寻回陵寝的路。克兰回忆起华盛顿时期的陵寝之旅贝琪·罗斯瞒着他参与了行动并且缝制了星条旗，艾比的提醒让克兰认为缝制星条旗的关键在于其中的金线，而正是金线引领军队成功进入陵寝。于是克兰艾比来到波士顿历史协会图书馆找到星条旗时发现它已经被人掉包，无意之中克兰触动星条旗唤醒了守护士兵，他们被守护士兵追捕。 　　回到档案馆，珍妮和乔发现艾比发回来的伪星条旗照片上面出现的奇怪破洞，乔将这些有规律的破洞重组发现了《星光灿烂的旗帜》乐谱并将这一发现告知艾比和克兰，他们随着乐谱上的线索决定前往目的地。丹尼尔在停车场拦截艾比并质问为何破坏历史馆的同时遭到守卫士兵的攻击，丹尼尔难以相信自己眼前看到的怪物，险里逃生的他们告诉丹尼尔事情的真相，丹尼尔回警局向苏菲求证，苏菲承认。 　　艾比利用音律打开了浮雕的大门进入密室，克兰取得真正的星条旗，就在他们准备离开之际遭到守护士兵攻击，关键时刻珍妮、乔赶到，珍妮利用液氮控制住士兵，乔一棒将士兵击碎，艾比、克兰安全。 　　艾比找到丹尼尔向他坦白了一些事，丹尼尔向艾比表露心意。珍妮的父亲给她送来一袋太妃糖。克兰在公园约见艾比试图寻找星条旗用法，晨曦来临，星条旗展开用途。他们似乎发现通往陵寝的路。…