某一天，次郎所掌管的尼比道馆面临了有史以来最大的危机。正在为了神奇宝贝医生学校的入学考试而努力的小刚，能够克服这次的危机吗…！？

在小智在合众地区旅行之时，留在双叶镇家中的小光也正在为了大型庆典而进行特训。看到了这一情况的彩子向小光提出了挑战！在与原本是顶级协调家的妈妈对战之后，小光越发坚定了前去丰缘地区旅行的决心。然而，她为该携带哪些伙伴去旅行而犹豫起来，因而前往了山梨博士的研究所，打算找他商量。在研究所中，小光遇到了为选择哪只初始怪兽而烦恼的新人训练家シンコ。在シンコ的面前，波加曼与小火焰猴吵起架来，并冲出了研究所……

小智一行人，来到了小光的故乡双叶镇。时间似长又短的神奥地方之旅，也终於要迎接终结的时刻了。离前往关都地方的船出航还有一点时间。3人对别离感到可惜，神奇宝贝们也都忍耐著同样的寂寞。但是，无论如何都压抑不了情绪的波加曼，双眼不断溢出泪水…。