城市在恢复平静后,大反派重新召集旧部卷土重来,并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球,忍者神龟莱昂纳多(皮特·普劳泽克饰)、拉斐尔(阿伦·瑞奇森饰)、多纳泰罗(杰瑞米·霍华德饰)和米开朗基罗(诺尔·费舍饰)并与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔(梅根·福克斯饰),韦恩·芬威克(威尔·阿奈特饰),还有一个面具义警凯西·琼斯(斯蒂芬·阿梅尔饰)并肩作战打击恶徒。在史莱德(布莱恩·泰饰)逃脱拘留后,他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼(泰勒·派瑞饰)及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合,发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时,他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗,神龟们面对的将是宇宙级的强大对手 。