神兵小将一行人，将天地盟主打倒之后，天地盟主回到原始天魔的身边，但是，原始天魔找到了新的傀儡——玄天邪帝，他的蜘蛛王比虎魄厉害的多。天地盟主被玄天邪帝杀死，玄天邪帝打算进攻玉龙国的姐妹国——玉岛国，于是他出发了。
与此同时，神兵小将们正在过着安逸的生活。南宫城城主南宫逸来到了元首宫。原来女元首是问天妈妈的姐姐！而且他的妈妈并没有死，而是在玉龙国的姐妹国——玉岛国当元首呢！
在玉岛国，玄天邪帝的超级魔兽军团来了。玉岛国的神兽巨龙出马，但是很快被玄天邪帝魔化了。超级魔兽军团很快攻下了玉岛国元首宫，但是玉岛国元首玉燕向她的丈夫南宫逸求救以后，就与她的护卫宗主逃出了元首宫，开始了逃亡生涯。
玉龙国元首宫，女元首与南宫逸还在怀念玉燕，还打算等问天问雅长大一些再告诉他们。
南宫城，问天和天晶兽正在给问雅过生日，他们都睡着了，但问雅在想念妈妈。然后，来了一架飞船，问雅跳上了船，问天和天晶兽也为了救问雅跳上了飞船。飞船飞到了一个陌生的地方，但是有一个问天问雅妈妈的雕像。
雕像上站了一个人，他们乘坐飞船救了他。他把事情告诉了他们。忽然，蹦出来一个玄天邪帝部下——毒王子古柔。问天和天晶兽变身变身，使用寒冰破，但被磷粉飞蛾的攻击抵消了。问天很是惊讶。…
天晶兽、太虚兽、小太虚、神农兽、十方明亮、惊邪、凤皇、神舞都失去了善性，反过来袭击问天等人，问天岂是对手？形势十分凶险……
天地盟主及虎魄哈哈大笑，表示根本毋需亲自出手，亦可以坐视众人的灭亡，只要除去问天这颗眼中钉，玉皇国便永远是属于天地盟主的国度，到时候所有人类和动物便要活在水深火热之中。
被囚禁的女娲传人玉皇国元首通过心灵沟通，以念力说话，要问天他们相信自己跟神兵兽的友情，只要触动其心灵，情的力量便一定可以让他们恢复正常。
于是问天等人努力唤醒众神兵兽，提起路途上的种种冒险经过、苦乐回忆……由天晶兽开始，一群神兵兽都忆起了跟小主人们真挚、深厚的友情，最终一一恢复了本性。
天地盟主和虎魄大惊，由始至终，原来他们都忽略了人世间最伟大的力量──情！慌乱中，天地盟主要以恨与暴力决胜，被迫出手，虎魄变身魔兵，非常厉害，令问天陷入苦战……
不过，最终所有同伴和神兵兽都献出力量，问天感受到团结之力，天晶变化成团结天晶，成功赶走了天地盟主和虎魄﹗临走，不甘心的天地盟主警告将以更邪恶、更强大的力量回归！！盟主衣衫碎烂，狼狈不堪。
众人救出了玉皇国元首，玉皇国所有被虎魄影响的神兽亦恢复善良本性，跟世人和平共处，美好幸福的生活再度降临。
问天等人得到玉皇国元首的感谢，与及玉皇国四大地域所有人民的欢呼，场面浩瀚壮大，问天、阿孝、铁心、问雅、北冥雪与众可爱的神兵兽们更被称为——「神兵小英雄」﹗…
一股旋风急赶向元首宫，风中传来了三个熟悉的声音，说要前去帮忙问天……
南宫逸被打下万丈深渊，生死不明，孝顺的问天想下去拯救父亲，却被卑鄙的炎神王及烈火大象阻止。
烈火大象的长鼻、巨脚攻击威力极大，众人都不是他的对手。即使天晶兽变身成火焰天晶，火力亦及不上对方。问天想念父亲，心急如焚，失却冷静，更加无法取胜……
小太虚旋转身体，掀动风势掩护问天，问天明白跟对方硬碰无益，改用旋风天晶吹开火势，但烈火大象仍然不落下风。突然，有一阵强风刮起，帮助问天——
来者正是小太虚的父亲太虚兽，他带来了西门豪、北冥正和北冥雷，更及时救起了掉下深渊的南宫逸！父亲无恙，四大城堡的正义之师亦齐集，问天等人士气大振﹗
炎神王及烈火大象被打败，但没有第四把钥匙，怎么办？但众人还是展现了团结的力量，各以自己的神兵，合力攻破了第四座宫殿的大门，原来所谓的第四把钥匙就是团结！只有团结的力量，才是最有威力的武器，无强不破，无坚不摧！众人终于跟天地盟主及虎魄碰面﹗
南宫逸劝天地盟主投降，他却坚持要战斗。众人心想可以稳操胜券，岂知却低估了虎魄的力量，只见虎魄一个仰天狂啸，虎魄又再喷出古怪的烟雾——
自天晶兽以下，众神兵兽都受到虎魄影响，竟变得听从天地盟主号令，天下间最厉害的所有神兽均在同一时间之内遭受魔化，反过来对付问天他们！正义一方该怎么办？…
