立志成为宠物小精灵训练大师的“小智”胸中怀着新的理想，带者“皮卡丘”终于来到了宝石大陆，在路上认识了刚成为宠物小精灵训练员的“小遥”和卖也弟弟“小正”以及在路上回合的“小刚”结伴为了追寻梦想和冒险开始宝石大陆的旅程……
