黑暗地带宇宙中的“京阿克星”至今为止侵略了宇宙中的很多星星，并将其收入了属下。而且那个魔爪也逼近了地球。正好在那个时候，国分寺博士根据拥有超级技术的“超古代绳文人”预想到阿克星人的侵略而画的巨大机器人的壁画，制作了合体机器人“基基·冈格3”。为了保护地球的绿色，基基·冈格3和阿克星人的“机械怪兽”展开了死斗。