Teague包机飞往南美洲，途中被Kara袭击。在Kara的强硬逼迫下，Edward交代Lex可能已经掌握真理会最核心的秘密。Lex的手下汇报两批前往北极的队伍全部失踪，之后Lex要求Jimmy想办法使Lois不要扯他后腿，作为他帮助Chloe摆脱国家安全局调查的回报。Lois将星球日报的入职申请交给Clark，Clark似乎全无兴趣，并提醒Lois小心Lex。之后Chloe告诉Clark，Teague的飞机事故，两人前往基金会，通过入侵朝廷文件后得到一段录音，Clark辨认出Kara的声音。Kara想从Lex的保险柜里拿出控制球，却遭到排斥。此时Clark出现质问Kara的动机。两人回到谷仓，不欢而散。Jimmy在王牌俱乐部找到Lois并把伪造的资料交给她。Lex回到庄园，Kara正在等他，并向他展示了超能力，然后指使Lex带着控制球一起去北极，找到水晶城堡。Lex整装出发，Jimmy表示他已完成说服Lois的任务，而Lex得寸进尺要求Jimmy定期报告。Jimmy拒绝后，Lex冷谈的表示欣赏他的正直，然后前往北极。Clark拿出装氪石的盒子却踌躇着该不该用，Chloe主动请缨由她来用氪石对付Kara。Chloe致电Kara并谎称Clark打算毁掉堡垒，并用绿氪石对付Kara。出人意料，毫无反应，原来“Kara”是Brainiac，Brainiac将金属刺入Chloe的头部，不料Chloe全身发光，Brainiac似乎受到重创。Lex向手下交代不用再等Kara，并表示控制球会保护他，之前失踪的事情不会发生。Clark在医院探望Chloe后马上明白是Brainiac在背后捣鬼。Brainiac想办法补充能量，Clark出现质问Kara的下落和解救Lana和Chloe的方法，之后用强电巨流杀死Brainiac，完全不会想到Kara被困在幻影地带。Lana苏醒后留了一张光盘给Clark，光盘中Lana悲伤的向Clark提出分手，世界比自己更需要Clark。无意中来到的Lois，看到这一幕紧紧的抱住Clark安慰他。 看到Chloe康复如初，Jimmy有些手足无措，小心翼翼的拿出医院旁买的戒指向Chloe求婚，正浪漫之时，国家安全局突然介入并逮捕Chloe。Jimmy在谷仓找到Clark并说明了事情的原委。Lex成功抵达堡垒，并准备使用控制球。Clark及时赶到，两人首次知己知彼的面对面。Clark试着向Lex解释整件事，Lex却认为Clark是高超的伪装者，目的就是毁灭地球。接着Lex将控制球放入水晶控制台，堡垒产生巨大的倾斜继而倒塌，Clark也虚脱在地，堡垒粉碎掉入地底。…

Lex招来古物专家Milash解开密码文物的秘密，勉强同意其将文物带回去进一步研究。Lex向手下交代安全细节后进入沉思。突然一个神秘人攻击Lex并在其身上划出奇怪的图案，此人正是曾在苏黎世袭击过Lex，而且杀死Gina的凶手。在小镇医院苏醒后的Lex很快意识到袭击者可能也在打密码文物的主意。Jimmy回到Chloe的公寓，并向Chloe解释他拍到一张Lex被袭击的照片，Chloe对其中的符号心知肚明，很快她把图片带去给Clark，符号的意思是“旅者”和“救世主”。Milash对发现兴奋不已，突然神秘人击毙了Lex两名手下，正当此人准备对Milash下手前，Lex赶到枪杀了此人。Clark和Chloe来到基因会最大限度的优化照片，并从中得到新发现，两个符号相互交织组成第三个符号“圣殿”，那么“救世主”也可以解释为“圣人”，根据这几点Chloe很快搜索到了以“旅者的守护神”为教义的圣克里斯多佛教堂，并且位于加拿大的蒙特利尔。Milash向Lex交代，密码文物出自于德国著名钟表匠之手，传闻他曾受雇制作一个大钟，大师的惊世之作在二战后失踪只余下一副草图，草图的齿轮与密码文物完全吻合。不过近几年Swann博士寻回大钟并捐赠给圣克里斯多佛教堂。Clark走进圣克里斯多佛教堂后，发现器皿上有氪星文件，并依照氪文指示搬起器皿，此时一位身着斗篷的人出现在他身后，此人自称是Edward Teague，真理会唯一的幸存者，以服务旅者为荣。可是两人却在处理Lex的问题上产生严重分歧，为了不让Lex有朝一日得以控制心慈手软的Clark，Teague打开权杖露出绿氪石，Clark无能无力的倒地。Jimmy找到Chloe并说符号出现多年前已出现在小镇，而且它表示一种献祭仪式。Teague用皮带绑住Clark放置在氪星古老的祭台上，原来这是Jor-El为了防止Clark成为毁灭者的后备装置。接着Teague在Clark周身容器中注入氪石溶液，然后用刀在Clark胸前割出一个符号。Lex来到大教堂注意到大钟，他将密码文物发装入大钟，大钟播放着动听的旋律，随后指针转动，从钟顶出现一块水晶薄片。Teague坚持没有旅者也不能有破坏者。两人打了起来。Chloe乘坐Queen的私人飞机及时赶到教堂解救了Clark。正当Lex就快杀死Teague时，Clark以惊人速度出现分开两人。Lex准备动身前往苏格兰，因为大钟播放的是一首苏格兰民谣“圣凯达的桦木”，Lex马上惊奇的发现自家的城堡正是从圣凯达整体搬移而来。Chloe回到公寓，Jimmy自豪的讲述自己的新发现，救世主Naman对抗黑暗之神Sageeth的故事，而且两者都有自己的符号，洞穴里的图案是解决冲突的方式。Chloe把洞穴图片拿给Clark，并建议Clark杀死Lex。Lex翻遍庄园，终于找到藏在壁炉里面的另一件物品，紫色球状体，Lex把水晶薄片放入紫色球状体后，透明的地球立体影像悬空而起，并且指向北极。…

Clark在谷仓里看着Swann博士的日记和Lana的照片，并告诉Chloe日记上提到事态紧急，Chloe建议Clark立即通过水晶堡垒回到多年前的氪星，Clark却迟疑着如果他没有来到地球，也许大家都会很幸福。突然Clark手中的八边形钥匙发出异样光芒将其团团包围，等Clark醒来，谷仓里走来一个自称“Clark”的小伙子。并且在房间里发现一张养父母和“Clark”的照片，Clark意识到这是没有他存在的世界，他找“Clark”要了电话簿，其后在小镇上找到Chloe问起Lana的情况，正巧Chloe与其未婚夫忙着筹备婚礼，无暇分身帮忙。接着，Clark又来到星期日报，恭维一番Jimmy后得到了他的帮助，报道显示Lana嫁给了法国慈善家生活在巴黎。当Clark准备离开，Lois撞了过来并表示很乐意请Clark喝一杯听听他的失恋故事。此时一群人进来并打断了两人的谈话，Kara命人将Lois带走，并叫Clark别多管闲事。在Jimmy的解释下，Clark惊奇的发现Lex已经成为美国总统，而且任命Linda Danvers（Kara）掌管国家安全局，Clark从Jimmy手上抢过Lois的信封，并来到王牌俱乐部，意外发现多年前小镇的治安官，原来治安官就是Lois的线人。趁Kara走进国家安全局，Clark以迅雷不及掩耳的速度救走Lois，两人撬开Jimmy公寓的门锁，Lois坚称Lex利用根本不存在的威胁意图引发核战，可她却想不通为什么。Clark分析肯定是Milton Fine幕后指使，而且希望Lois相信只有他能够对付他们。Lois把Clark装扮成记者模样，Clark混进记者发布会的现场也就是Lex在小镇的庄园。Lex与Kara发生激烈争执，Lex怀疑Kara故意放走Lois，而Kara认为Fine伪造文件想毁掉地球。最后Kara表示她会忠于Lex。Kara离开后遇到Clark，两人发生打斗，Clark解释到Milton Fine就是Brainiac，它的目的就是毁灭地球。Kara决定带Clark去见Lex，可Lex完全不听Clark的说辞，并用氪枪击中Clark和Kara。Brainiac指使手下用氪石手铐带走Kara，并把引爆核战的匣子交给Lex。核攻击爆发，等Lex走后，Brainiac拿氪枪指着Clark，突然Clark又置身于光芒中，周围出现Jor-El的声音，声音警告他必须阻止Brainiac机会只有一次。Clark回到现实中，Chloe就在身边。1989年氪星，Brainiac准备杀死年幼的Kal-El，Kara奋力阻止却被Brainiac仍出。Clark赶到救下小婴儿放入飞船，Kara用大水晶砸向Brainiac。接着两人通过大门离开，身后氪星消失殆尽。两人回到农场，Clark接到Lana病情恶化的电话，Kara感到非常抱歉自己不得已摧毁了Brainiac，并建议他们通过回到过去改变现实，Clark认为行不通。Lex在阁楼上等着Clark，并想从Clark口中得知Lana的病因，Clark称全然不知，Lex不以为然。随后Clark在星球日报找医学资料，Lois走进来并试着安慰他，而且主动拉他出去喝酒。农场里，Kara从冰箱拿出牛奶，却突然痛苦倒地，头疼不已。…