水草在分类群上由多个植物门类组成,包括非维管束植物,如大型藻类和苔藓类植物;低级维管束植物,如蕨类和蕨类同源植物; 以及最高级的维管束植物━━种子植物。主要是维管束植物,其中被子植物占绝大多数,典型的水生植物多为被子植物中的单个叶纲植物。