在橘子群岛一带旅行的小智等人，某日在乘船时意外被暴风雨吹至当中的一个岛屿-亚西亚岛，当地适逢庆典，他们结识少女芙芦拉等居民，并得知流传岛上的古老传说。就在同时，贪婪的收藏家吉尔露太，为了满足自己的收藏欲望，捕捉了传说中神圣不可侵犯的的火焰鸟与闪电鸟。