失去母亲的小透随父亲回到故乡小镇，父亲忙于打理餐馆，小透感到很孤独。他在岛上发现一只刚出壳的小乌龟，把它当做自己的宠物，取名豆豆。豆豆不仅长得奇快，而且能飞，令小透和小伙伴们吃惊不已。不久一只巨大怪兽袭来，豆豆变得更大之后挽救了小镇。科学家把豆豆运到名古屋，认为它是30年前出现的神龟加美拉的后代。加美拉为保护人类而牺牲，小透不想让豆豆遭到同样的命运，于是前往名古屋帮助豆豆。这时怪兽来到名古屋，在小伙伴们的帮助下，豆豆击败怪兽，飞向了远方。