这一天，一个不知名的人给警方发来一封匿名信件。信中说道：我将在午夜十一点进行二十面相的复活行动。浪越和小林两人就在钟楼塔顶，而每隔五分钟就会有一名自愿献身的少年从塔顶跳下，只有明智才能解救他们。一时间明智成了媒体的焦点，大家都将少年们的死算在了他头上。众多对社会不满的市民成了二十面相的拥护者，明智陷入尴尬局面。

原来，在验尸官南的协助下，浪越让南身患绝症的弟弟伪造成自己的样子后自焚，以此引发了第一代二十面相事件。此后匿迹三年，期间一直在暗中更新公式以此不断制造出新的二十面相。最后绑架了小林并再次和明智相遇，对明智说“你不对我说好久不见吗”，之后将信奉二十面相的几位少年少女作为赌注和明智进行争分夺秒的游戏。

浪越成功怂恿了小林一起坠楼为公式做最后的完善，坠楼时被明智拉住手。明智对浪越说”公式这种东西，无论怎样改写都可以……我终于救到你了“，此时十二点的钟声敲响。浪越说：‘明智……我很高兴，但是，这样的结局无法成为你我法则的证明……不行啊，如果不能得到你更多的承认，会被你讨厌的……这样我们的暗黑星就完成了，再见了，也谢谢你。”

在加贺美被抓捕归案之后，本以为二十面相会真正消失，结果没想到怪人二十面相依旧接二连三地出现。针对这种情况，明智和浪越创作了一个公式：暗黑星，世间万物都包含在这公式中，犹如蝴蝶效应一般，这个公式能把事物的起因结果精准的联系在一起。但是这个公式却被浪越利用，创造出了一个又一个怪人二十面相。

明智与浪越再次相见，浪越在慌乱之中成功逃脱，被逮捕的验尸官对此事闭口不谈，本应收场的闹剧变得更加扑朔迷离。小林被浪越诱拐，而浪越的目的是为了向小林讲述自己与明智间的故事。初中时的浪越成绩优异，却不善与人交流，经常遭到同学和家长的欺凌。就在浪越感到绝望时，明智向他伸出了手……

因明智一直保护浪越，班里的不良少年趁明智不在用小刀划破浪越的脸作为报复。害怕暴露罪行的父母没有带他去医院，明智赶来找浪越，却被浪越的父母拒之门外。回到学校后听说那些不良少年想要做掉明智，心生憎恶，进而创造了二十面相。后来被明智发现公式巨大的漏洞而阻止，却不听从劝告，认为明智也在否定自己，因此为了得到他的肯定而独自完成了公式，并开始为了得到认可而努力。

明智和小林成功解决了帕诺拉马岛的二十面相事件，成功将二十面相捉拿归案。另一方面，在日渐严峻、以法律漏洞而逃脱的罪犯再次犯罪的社会，加贺美已经渐渐的失去当初所奋斗的希望，不过在妹妹的鼓励下，露出了少见的微笑；但……噩梦也到来了，因拘捕过一位涉嫌伤害致死的罪犯——须永，被罪犯记恨。

该罪犯在杀害一名职员后逃出精神病院，将自己唯一的亲人——妹妹……被做成了芋虫，双手、双脚被砍断，眼瞳被挖出，穿着自己设计、被哥哥自豪不已的时装，脖颈上被绳索狠狠的缠绕着，挂在夜晚的大厦中……绝望般得知了妹妹的死讯，痛泣着、愤怒着、加贺美戴上了二十面相的面具……最后逮捕的时候，加贺美告诉明智，二十面相是不会死的……

怪人二十面相接连出现，即使真正的二十面相加贺美警官已经被抓，但不满社会政府决策的人们还是陆续挑战继承怪人二十面相的意志。明智和浪越创作了一个公式：暗黑星，世间万物都包含在这公式中，犹如蝴蝶效应一般，这个公式能把事物的起因结果精准的联系在一起。但是这个公式却被浪越利用，创造出了一个又一个怪人二十面相。