末日战神终于被击败，延羽一众人欢喜不已，以为一切将恢复原状之时，却发现‘中枢计算机’并未被停止，源源不断的机械能量侵袭整个世界，无数动、植物被逐渐机械化，四处破坏，五大城市秩序大乱！ 　　无计可施的延羽众人收到博士们的指示，能停止‘中枢计算机’的唯一办法竟然是含有陨石能量的机甲召唤器！经过一番痛苦挣扎，五人终于明白机甲兽神最终的使命是守护这个世界，五人决定忍痛挥别机甲！ 　　五人最后一次召唤出机甲，同时撞向‘中枢计算机’，却不料力量仍不够，眼看即将被‘中枢计算机’能量反吞噬之际，向荣突然出现，并将末日战神召唤出来！集合着六辆机甲的力量终于将‘中枢计算机’毁掉！ 　　机械化能量渐渐消散，世界再次恢复原貌。 　　延羽六人各自回到了自己的家乡过上了和平安定的生活。就在此时，嘉静、凌义、希阳、基洛四人突然收到了延羽的紧急集合通知，原来是延博士发明了一系列机甲模型，机甲兽神将再次陪伴在延羽六人身边！…

因为‘中枢计算机’能量被逆转，眼见大家的努力将被白费，愤怒的延羽驾驶着合力机甲对罗煞进行疯狂攻击，就在此时巴比、罗斯突然杀出，挡到了罗煞面前。却想不到罗煞为了增强末日战神的能量竟将巴比、罗斯二人的机甲吞噬！面对如此强大的末日战神，嘉静、基洛欲限制其行动，却反被控制着对付延羽！ 　　而此时，昏睡中的凌义感应到了同伴的呼唤，慢慢清醒过来。凌义从三位博士口中得到延羽一众人身陷险境，立刻带着圣光神鳄前去救助！ 　　这边厢，延羽面对着被控制的嘉静、基洛死不还手，眼见延羽渐危险之际，凌义驾驶着圣光神鳄出现，救下了一众人并道出了对付末日战神的方法就是利用机甲的元素能量！经过一场苦战，众人利用自己的机甲一一抵销末日战神体内的各种元素能量，在延羽的最后一击之下，末日战神在眼前被彻底粉碎！ 　　与此同时，达尔文三位博士亦成功进入了中枢塔的控制室，设法停止被逆转的‘中枢计算机’！…

嘉静、希阳、基洛设计将巴比、罗斯、向荣三人引走，却被向荣发现延羽已进入中枢塔！ 　　同时中枢塔内，眼见一条人工通道即将被火钻钢马打通，延羽召唤出合体机甲欲阻止，却不料罗煞突然杀出，挡下了合体机甲！正当延羽、罗煞苦战之际，向荣突然出现，并将延羽不断往出口推去。原来向荣已偷偷地在火钻钢马身上装上了炸弹，一旦炸弹被引爆，整个中枢塔将被炸毁！却不料，罗煞早就看透了向荣的行动，炸弹一早就被销毁！眼见‘中枢计算机’即将落到邪灵手中，向荣不顾一切挡下罗煞，令延羽尽快进入中枢研究中心！ 　　研究中心内，延羽及时出现，将意欲逆转‘中枢计算机’能量的火钻钢马击倒，却不料罗煞已将向荣打倒，趁机进入中心内，‘中枢计算机’能量被逆转，世界开始被机械化！ 　　与此同时，面对强大的巴比、罗斯，嘉静三人不敌，被巴比二人进入中枢塔与罗煞汇合！ 　　那边厢，雷神于海边救下了昏迷不醒的凌义，而达尔文三位博士正加紧时间复制消失的圣光神鳄！…