军士长查尔斯是海军的高级潜水员，被发现尸体漂浮在公海之上，而洛蕾塔检查他身上的伤口之时，也是疑点重重，很多伤口连她都没有见过。塞巴斯蒂安在海岸警卫队的帮忙下，找到了查尔斯可能潜水的位置，道恩于是跟布罗迪一起出海寻找查尔斯的船。找到查尔斯的船时，道恩发现船上有很多血迹，还在船舱里发现了受伤的前任海军陆战队的排长迈克尔。道恩在迈克尔醒来后，去医院跟他了解了一下情况，迈克尔对当时的情形记不太清楚，他只知道被两个穿专业潜水伏的人给袭击的。布罗迪在船上重演案情，认为船上一定还有别人，而血迹化验也证实属于某个还不知道的人物。塞巴斯蒂安通过查尔斯身上的微生物，找到了查尔斯潜水的位置，克里斯托弗潜水下去之后，找到了查尔斯留在海底的摄录机。摄录机拍到了查尔斯被杀的过程，证实他是被潜水艇给杀死了，而这个潜水艇NCIS没办法找到所属者。布罗迪想通过简洁的手续，看到声呐日志，所以直接去找了约翰，结果正好从约翰那里得知，有可疑组织准备袭击新奥尔良，正是利用杀死查尔斯的那艘运毒潜艇运送袭击的东西，只是他们并不知道运送的究竟是什么。在运毒潜艇上面，有很多的血迹，道恩便让布罗迪从诊所方面，查找嫌疑人。就在NCIS大肆查找受伤可疑人员之时，洛蕾塔和塞巴斯蒂安得知了一些新线索，而道恩也正通过与迈克尔的交谈，想起了嫌疑人受伤的过程，所以道恩猜测嫌疑人是肾受了伤。根据道恩的线索，克里斯托弗和索妮亚在众多的受伤者中，将范围缩小到了四位，所以他们马上去挨个去排查嫌疑人。克里斯托弗和索妮亚到朱迪家里询问她受伤的原因之时，发现朱迪可能说了谎，而这时跟朱迪一起假扮情侣的亚瑟马上掏出了枪，给克里斯托弗他们突然袭击。亚瑟逃脱了，朱迪被逮捕，可她却什么也不肯说，约翰只好用朱迪的家人威胁于她，朱迪于是假装配合，说出了亚瑟的下落。就在约翰相信朱迪的供词，打算带队去逮捕亚瑟之时，克里斯托弗和索妮亚在朱迪的家中发现了一些线索，认为他们并不是假装情侣的特工，而是真正的恋人。道恩知道朱迪和亚瑟的关系之时，马上就明白过来，朱迪所说的亚瑟的下落是假的，这是一个调虎离山的陷阱。道恩通知布罗迪是陷阱的时候，NCIS的办公室已经被袭击了，雷伊也受了伤，幸好道恩他们及时赶回来，击毙了亚瑟，才救了布罗迪。洛蕾塔在亚瑟的的手上，查出了大量炸药的反应物，认为他一定接触了大量的炸药，而炸药足以炸毁整座新奥尔良。巴顿破解不了朱迪他们的电脑，无法查出幕后主使者，也无法确定他们的目标是哪里，道恩只有给巴顿时间破解电脑。布罗迪去找约翰约会之时，约翰声称朱迪要见他，于是丢下布罗迪离开。约翰去见朱迪之时，关掉了审讯室里的监控，责怪朱迪被捕，然后给了朱迪一粒毒药让她吃下。（本季终）…

ZOLFO餐厅的厨房突然发生爆炸，无一人死亡，但有数十人受伤，海军烹饪专家丹妮尔也受了伤。急救人员在丹妮尔的身上发现了一个包装盒，索妮亚从包装盒上扫描到一个指纹，是属于安东尼的，而就在此时安东尼正在餐厅门口大吵大闹，道恩只好逮捕他。丹妮尔的父母声称，安东尼一直在骚扰他们，可安东尼却坚称他是谈卖店的事情，并没有放炸弹，也不肯说出包装盒里的东西是什么。监控系统里，道恩发现了拿盒子的可疑人员，经扫描发现他是安东尼店里的厨师。克里斯托弗和索妮亚去找那个厨师，逼问之下才知道，是他为了当厨师长而故意送有螨虫的老鼠去餐厅，好让丹妮尔家的餐厅关门。道恩在与布罗迪通话之时，突然意识到他太过于专注包装盒而忘记了其他事，所以他马上联系塞巴斯蒂安，想知道爆炸源的事情。丹妮尔身上的残片有钢和丙烷，道恩怀疑爆炸的原因是丹妮尔用的喷火枪，经塞巴斯蒂安确定，丹妮尔的喷枪的确被人动了手脚，所以道恩马上派人去船上查丹妮尔拿走的那个喷枪，以及丹妮尔近期的状况。道恩去医院看丹妮尔，向她了解情况，丹妮尔拒不透露，也不肯说明她没有去见心理医生的问题，但他偶然发现丹妮尔静脉萎缩。道恩去向洛蕾塔确认，得知丹妮尔在去医院前洛蕾塔就发现她有静脉萎缩的状况，所以她怀疑丹妮尔是吸毒造成的。克里斯托弗收到上校的邮件，得知丹妮尔休假期间，给一个匿名电话打了三次，而他听了电话录音之后才发现，原来丹妮尔通话的人就是那个厨师泰勒。泰勒因为克里斯托弗他们发现他包里的毒品，只能拼命逃跑，可没想到最终还是被克里斯托弗给逮了回去，他只好说明之前他是给过丹妮尔毒品，但并没有害丹妮尔。泰勒说明，他跟丹妮尔见面，是因为丹妮尔需要他的帮忙，找度假村躲起来。洛蕾塔查丹妮尔的医疗记录之时，发现了丹妮尔母亲伊莲的记录，她怀疑伊莲正在被丹妮尔的继父布莱克家暴。道恩得知家暴的事情后，便怀疑丹妮尔找度假村是为了母亲伊莲，而她的受伤也肯定与布莱克有关。就在道恩有了新怀疑之时，丹妮尔给道恩打来了电话，声称她有话要对道恩说，可还没等她说出来，电话就被挂断了。道恩赶往医院之时，看到丹妮尔正在被急救，他心中就更确定是布莱克想要杀死丹妮尔。道恩等布莱克不在身边之时，跟伊莲单独聊了一下，把丹妮尔受伤是因为布莱克的事情告诉伊莲，伊莲这才坦白她被家暴的事情。为了让布莱克服法，伊莲前去找布莱克质问，等布莱克被伊莲的话激怒，正准备对伊莲施暴之时，道恩他们前来逮捕了布莱克。…

大晚上，道恩被萨穆埃尔的急电叫醒，声称他在酒店里发现一名海员被杀，而他是第一次到现场的人，要求道恩前来帮忙。萨穆埃尔想要低调处理被杀案，因为他的上级马修斯上校牵扯其中，他不能让这件事情被传扬出去，所以一见到道恩带队员前来，他便不高兴地把道恩带去一旁私下谈话。道恩坚持团队合作，而且一名海员死了，他不得不当案件来处理，萨穆埃尔也只能叮嘱道恩低调。马修斯与瑞贝卡在酒店里约会，可没想到他们刚想喝红酒时，瑞贝卡便因为先喝了一口红酒而吐血倒地身亡了，把马修斯吓坏了。洛蕾塔发现瑞贝是中毒而亡，马上不顾警卫的阻拦闯进了马修斯的房间，让马修斯去医院做检查，因为他也喝了红酒。因为马修斯也被投毒，萨穆埃尔才没有再坚持之前的做法，想要秘密处理瑞贝卡的死，而是让道恩继续调查，并认为凶手的目标是马修斯。为了保证马修斯的安全，道恩接受萨穆埃尔的要求，让队员们都隐瞒瑞贝卡的真正死因，等找到疑犯再公布。布罗迪和塞巴斯蒂安去检查酒店的食物，想要排查下毒来源，差点将红酒被投毒的事情说出来。克里斯托弗去瑞贝卡的家里，了解瑞贝卡的情况，得知瑞贝卡的父亲怀疑她正在秘密恋爱。布罗迪和克里斯托弗查了马修斯的行程，与瑞贝卡有许多重叠的部分，还在瑞贝卡的物品里找到了一张字条，说明他们的关系不能公开，所以克里斯托弗很肯定地认为，马修斯与瑞贝卡有恋情，很可能是他投毒杀了瑞贝卡。克里斯托弗要求把马修斯带回来审讯，道恩以马修斯的身份为由，不准克里斯托弗这么做，要求克里斯托弗先查清楚再谈是否传讯马修斯的事情。洛蕾塔解剖后发现，瑞贝卡中毒的时间，是在她去酒店的前15个小时，而那个时候瑞贝卡在她的办公室内，所以道恩要求克里斯托弗和布罗迪去那里找毒药来源。克里斯托弗和布罗迪搜证后，一直在讨论瑞贝卡的案件，而他们也发现沃尔特一直在盯着他们，所以只能过去跟沃尔特聊上一会。沃尔特说明，在瑞贝卡被下毒的时候，萨穆埃尔曾去过瑞贝卡的办公室，所以道恩不得不去见一下萨穆埃尔，了解原因，可萨穆埃尔拒不透露，还提醒道恩不能再深挖马修斯的事情。道恩不管萨穆埃尔的提醒，坚持把马修斯带回来问话，并在马修斯不肯配合之时，他还是严厉地坚持所为，以致于马修斯不得不说出他帮瑞贝卡调查有问题的承包商的事情。布罗迪在那些承包商上发现了问题，认为有几个承包商只是皮包公司，所以她便去调查有关联的承包商，结果发现其中一个承包商就是沃尔特。塞巴斯蒂安找到了瑞贝卡中毒的原因，确认毒是被投在瑞贝卡办公室的咖啡机上的，而此时沃尔特因为布罗迪的到访，正准备给她也泡一杯特别的咖啡。正当布罗迪要喝咖啡之时，道恩闯进了沃尔特的办公室，打掉了她手上的咖啡，沃尔特这才破窗逃跑。沃尔特被逮捕，克里斯托弗履行自己的诺言，去跟瑞贝卡的父亲，说清楚她的死因，并帮他一起把墙修补好。…